隨著非洲海運的發展，外貿在經濟中開始逐漸占有重要位置，這對索馬里海運產生了一定的影響。傳統出口商品為活畜(20世紀90年代年均出口約300-350萬頭)、

香蕉、乳香、沒藥和皮革。主要進口原油、機械及零配件、食品、車輛、建材、醫藥和紡織品等。索馬里交通運輸業落后，境內以公路為主，但大都年久失修。內陸交通運輸主要靠汽車和駱駝。借助東非海運的進步，主要貿易伙伴為沙特阿拉伯、也門、阿拉伯聯合酋長國、吉布提、肯尼亞等國。伴隨著東非海運的飛躍，海上運輸逐漸占重要地位，主要港口有南方的摩加迪沙和基斯馬尤，北方的柏培拉和博薩索，加強了索馬里海運。南方在戰斗時，北方兩港承擔了主要的海運任務，因此索馬里海運進步很快。歐盟又出資對柏培拉和博薩索進行了一定程度的現代化改造，這對非洲海運也起到了一定的促進作用。1999年5月，歐盟計劃出資150萬美元建設柏培拉港。